Маркакольский государственный природный заповедник — заповедник в Восточно-Казахстанской области, в окрестностях озера Маркаколь. Основан 4 августа 1976 года, площадь - 102 979 га.

Флора Маркакольского заповедника насчитывает около 900 разновидностей растений. Из тех, которые занесены в Красную Книгу Казахстана, можно отметить сибирский собачий зуб, алтайский ревень, сладкий астрагал, плаун-баранец, тюльпан, степной пеон, алтайский голосемянник. Субальпийские луга богаты различными травами, редкими медицинскими растениями (золотой и маралий корень, бадан и др.).

В озере Маркаколь обитают 30 видов высших водных растений. В фауне заповедника представлено 58 видов млекопитающих, что составляло почти пятую часть фауны наземных млекопитающих бывшего СССР, а также 255 видов птиц. В лесах заповедника иногда встречается рысь. Следует упомянуть и красного волка, отмечавшегося здесь в начале XX в. Животный мир Маркакольского заповедника насчитывает также 4 вида пресмыкающихся, 2 вида земноводных. Занесены в Красную Книгу Казахстана: черный аист, скопа, орлан-белохвост, беркут, сизый журавль, хвостовка.

В водах озера Маркаколь встречаются хариус, голец, пескарь и озерный ускуч. Маркаколь – одно из самых крупных озер на Алтае. Оно расположено в межгорной котловине между Курчумскими и Азутаускими горами.

Более 95 больших и малых источников впадают в озеро, и только одна река берет здесь свое начало, это Калжир - основной приток Черного Иртыша. Озеро Маркаколь расположено на высоте 1449,3 метров над уровнем моря. С северной стороны открывается удивительная панорама горной цепи Сарымсакты со снежными вершинами – Беркутаул и Аксубас.

Горное озеро Маркаколь - одно из красивейших озер в Восточном Казахстане и Алтае. Озеро Маркаколь называют "жемчужиной" этого региона. Вода в озере Маркаколь чистая и очень мягкая, однако основным его богатством является ускуч – рыба семейства лососевых. Ускуч водится только в этом озере. Цветовая гамма озера поражает разнообразием и красотой. От синего до желтовато-золотистого - в закатную пору и серебристо-серого - в непогоду. Живописные горные склоны Маркаколя украшены густыми елями.

 Основная лесообразующая порода - лиственница сибирская. В заповеднике выделяется 19 типов лиственничных лесов. Они занимают 20% территории заповедника, средний возраст 160 лет. По долинам рек, впадающих в озеро Маркаколь распространены горно-долинные еловые леса. Основная древесная порода - ель сибирская, пихта сибирская. Субальпийский пояс (1900-2000 м) представлен высокотравными субальпийскими лугами. Обычны: лютик крупнолистный, герань белоцветковая, бодяк разнолистный. Высокогорный пояс (2000-3000 м) включает в себя зоны альпийских лугов и горных тундр. Низкотравные альпийские луга очень красивы. Встречаются небесно-голубой незабудочник мохнатый, белые каллиантенум узколистный и горец змеиный. В заповеднике преобладают мохово-лишайниковые тундры. По водоразделам распространены каменистые тундры.