Жонгар-Алатауский национальный парк создан с целью сохранения биоразнообразия (в том числе генофонда глобально значимых дикоплодовых лесов) и естественных горных ландшафтов, имеющих особую экологическую, генетическую, историческую и эстетическую ценность.

 Особое внимание уделяется сохранению и восстановлению уникальных яблоневых лесов (яблоня Сиверса,которая является прародительницей всех культурных сортов яблони мира, яблоня Недзвецкого) — источника генетических ресурсов мирового значения.

В природном парке, за счет расположения, произрастает разнообразие диких плодово-ягодных видов растений: абрикос обыкновенный, барбарис кругло плодный, тянь-шаньская вишня, шиповник Альберта, смородина Мейера и т.д. На территории парка произрастает 2 168 видов растений, из которых 76 эндемичные и встречаются только на этом хребте.

По разнообразию животного мира природный парк уступает только Алтаю. Фауна парка включается в себя: костная рыба – 2 вида, земноводные – 2 вида, пресмыкающиеся – 8 видов, птицы – 238 видов, млекопитающие – более 50 видов. Также на территории парка встречаются редкие и исчезающие виды животных: данатинская жаба, черный аист, беркут, бородач, балобан, филин, тянь-шаньский бурый медведь, каменная куница, туркестанская рысь, снежный барс и т.д.

Открытие нового природного парка явилось результатом многолетней работы экологов, специалистов в области лесного хозяйства, общественности, государственных органов. Содействие в разработке обоснования и технической документации для создания парка оказал Проект Правительства Республики Казахстан/Глобального Экологического Фонда/Программы развития ООН «Сохранение in-situ горного агробиоразнообразия в Казахстане», которым также разрабатываются и осуществляются комплексы мероприятий по поддержанию глобально значимого агробиоразнообразия дикоплодовых лесов на территории юго-восточного Казахстана.