ТОО АНПЗ установлены 4 станции наблюдения за состоянием окружающей среды. ТОО «Атырауский НПЗ» на постоянной основе проводит мониторинг качества атмосферного воздуха. При существующей схеме завода предусмотрена очистка топливного газа от сероводорода. Сероводород в свою очередь направляется на установку производства серы, где из него получают очищенную гранулированную серу. Кроме того, процесс производства серы на установке полностью автоматизирован, что исключает попадание сероводорода в атмосферу. Очистка дымовых газов от загрязняющих веществ осуществляется на установке каталитического крекинга R2R. Система удаления оксидов азота представляет комплексный блок DeNOx фирмы «Belco», которая расположена в дымовой трубе. В систему комплексного блока также входит оросительная колонна очистки дымовых газов, который расположен в основании дымовой трубы. Перед сбросом в атмосферу, дымовой газ поступает на капле-отделительную систему. Таким образом, дымовые газы с установки каталитического крекинга по большей части являются водяным паром, не представляющим никакой угрозы.

Тем не менее, в ходе проведенного мониторинга качества атмосферного воздуха отмечаются случаи превышения ПДК от источников загрязнения ТОО АНПЗ. С этой целью в производстве АНПЗ ведется работа по созданию систем автоматизированного мониторинга выбросов промышленных предприятий РК, работа будет продолжена после внесения соответствующих изменений в Экологический кодекс РК.

Установка датчиков контроля качества атмосферного воздуха и установка фильтров на источниках сброса вод.