Загрязнение озера происходит по сложившимся сложным гидрогеологическим условиям (недостаточный объем поступления воды), а также последствий исторических загрязнений. Так, в 1981 году был произведен аварийный сброс условно-чистых стоков с контрольных прудов бывшего ДПО «Химпром» в озеро Биликоль. В результате загрязнения озера произошла массовая гибель фауны и флоры. Характеристика качества воды - очень грязная, класс качества - 6 (грязный водоем).

По информации департамента Экологии по Жамбылской области и Шу-Таласской бассейновой инспеции проводить механическую очистку на сегодняшний день нет необходимости, так как это будет способствовать вторичному загрязнению озера, за счет загрязняющих веществ аварийного сброса с контрольных прудов бывшего ДПО «Химпром» которые в настоящее время укрыты слоем ила, что может повторно вызвать гибель фауны и флоры оз. Биликоль. Также в случае механической очистки потребуется дополнительная площадь земли для создания накопителя по захоронению данного ила, и последующим проведением работ по рекультивации. По контролируемым химическим веществам (Сульфаты, Фенолы, Магний, Железо общее) КИЗВ = 1,706, что соответствует умеренному уровню загрязнения.

В 2019 году будет внесено предложение по финансированию на очистку озера Биликоль химическим способом